盐城综合保税区的发展定位是以虚拟口岸为依托，建成规划科学、功能完备、设施先进、服务便捷、环境优美的现代化、国际化、智能化的综合保税区，建成具有口岸作业、保税物流、保税加工、国际贸易等多种功能、配套服务完善的综合保税区，采取陆路联运、陆空联运、海陆联运等多式联运模式，实现虚拟口岸功能的实体化，成为上海海港和空港及大丰国际深水港、盐城南洋国际机场在内陆地区的喂给、疏散港，最终发展成为长三角地区制造集群的生产服务业基地及重要的国际货物集散地。

盐城开发区产业特色鲜明，现已形成汽车及其零部件、软件与服务外包、新能源装备、动力机械等门类齐全的产业体系，是中国东部沿海汽车城、国际软件和服务外包基地和新能源产业基地。